剑桥大学研究称新冠病毒分三个变种，A 类病毒为「爆发根源」，更多发现于美国和澳洲，这一结论靠谱吗？ 第1页

写在篇前的话

0，数量不代表起源

题目有个很大的歧义点，一些人一看到A型更古老，且美国更多，就直接像打鸡血了。数量多，更多的是传播问题。你们还记得把病毒分为S和L型的NSR文章没？S型古老，L型年轻，结果在武汉L型占了96%多，而其原因在于L型更具有侵略性。

而作者对于哪型在哪个区域更多也指出了，这是进化选择的结果，不同类型适合不同的宿主。

These genomes are closely related and under evolutionary selection in their human hosts, sometimes with parallel evolution events, that is, the same virus mutation emerges in two different human hosts

1、这篇文章最大的亮点是算法上，用了人类学里的算法去尝试病毒。

毕竟论文的主要贡献者就是那个唯一不是foster的人目前兴趣之一是人类学。通过新的算法发现了病毒的平行进化现象（parallel evolution），也就是病毒的不同类型适合不同的人群，A类型适合北美，B类型适合东亚。当然，之所以出现这种情况，是和病毒的奠基者效应（所谓奠基者就是后代群体的样子很大程度取决于祖先）

关于这一点 @好大一盆绿萝 写的非常精彩，我就不狗尾续貂了。

2、病毒多样化和病毒源头是两码事。

很多时候我们容易产生一种看法，就是你看xx地方的多样性更高，那么它就更可能是起源。包括之前的那个广为流传的某视频。其实，这个是不对的，简单直白的， 美国的族群规模复杂程度很高，但是你肯定不认为美国是人类起源吧？

同样，数量最多也不能代表源头。

3，文章使用的参考基因组依然是最早发布的武汉测序的那一个

这一点倒是业内通用的，毕竟第一条上传的序列，往往会被当做参考序列，剩下的序列会和它比。

The sequence range under consideration is 56 to 29,797, with nucleotide position (np) numbering according to the Wuhan 1 reference sequence

这里其实有个小小的问题，那就是，我们事实上默认了这个早了，后面的所有病毒都是由这个变异来的，但是有的时候，或许换个参考，或许不一样，不过这个问题有一个最大的障碍就是蝙蝠的序列。所以，如果能够找到更古老的病毒序列，甚至直接找到个可以把现在病毒都当做姊妹群的病毒，或许整个状况都要被改写，毕竟根序列变了，那很多东西都要变。

4，还是一个样本规模问题

其实这个问题讨论过很多了，就是，现在几乎所有的分析，全是依赖于最开始的那一波数据，然而我们都知道，那一波数据是有源头性问题的，因为我们直接默认了华南海鲜市场，而后来证实，华南海鲜市场并非最早起源，顶多是个爆发点

事实上，理论上，如果我们对武汉当地的病毒进行更多的全基因组测序，或许发现更多精彩的东西，不过我们早就停下来了，毕竟这东西做了对抗疫也没啥用，还花钱贻人口实，那不是自讨苦吃吗哈哈。

5，文中看了会有不少可能很多读者会直接想说“你行你上”的内容。

首先我是不太认可“你行你上”这种理论，否则论坛有啥存在意义呢？直接崇拜权威罢了，其次PNAS这个期刊一直有个备受诟病的问题就是，如果它本身是美国科学院院刊，你只要是院士，哪怕你在上面夸师母，一样可以发表（有没有想到冰川冻土哈哈？），这就是院士特权，特征之一就是写的contribute。

包括当年venter写的用基因算长相被science 拒掉的时候，他也动用了这个权利把文章丢到了pnas上，然后那个science评委（当然也是大牛Yaniv Erlich）还很愤怒的和venter两人大战300回合（当然结果就是每人都发了一堆文章~毕竟大牛打架都是要用论文的哈哈哈）

事实上，关于这篇文章，砖头早就飞了。比如Andrew Rambaut，进化领域的超级巨佬就指出文章有严重错误。

微博上一些相关领域人士的评价

polyhedron，复旦的严实博士，做分子人类学的。

fengfeixue0219，中科院的郗旺 ，也就是飞雪之灵，做植物分子遗传的

————正文部分————

首先，当我看到这篇论文的时候，第一时间就意识到，这又充值了。

因为当时一看作者，4个作者，3个foster，这就是一家子发论文，就有一种不祥的预感，这可能是水文。

而且还真的不是我随便说的，1和4是亲兄弟哦，据说2是1的老婆~真是foster承包了

好吧，唯一例外的是第三个，但是更是让我惊呆了，因为这个人是整个论文的主要推动者

一看到contributed，我瞬间就明白了，这群院士又开始水了，这个院士是做啥的呢？答案是考古学

研究欧洲史前内容，比如希腊基克拉迪群岛的史前历史，基克拉迪文化与东南欧和西南欧的关系，埃及和美索不达米亚的早期文明传播等等，当然后期对分子人类学感兴趣。

特别说明：我对colin Renfrew是没有意见的，人家是考古学的顶级专家，能够当院士，肯定是实力超群

PNAS是美国科学院院刊，他的文章有两种，一种是认真submit的文章，一种就是contribute，后者的文章，就是哪怕你去写一篇夸师娘，只要你是院士，也可以发表出来。所以pnas影响因子不高，备受诟病，很大一部分是因为这些院士去contribute了，院士们有优先发表且不受限制的权利。

特别说明：并非所有的contribute都是水文，但是在pnas里，contribute水文比例的确很高。

好吧， 不管怎么说，虽然心里预期自己又要看一篇渣文了，但是还是咬着牙看下去，万一有惊喜呢。

结果从头看到尾，最后证明，我还是想多了，真的没惊喜。

全文核心就是这张图（是的，其他图是附件的图）

给大家瞅一眼全文，3页

就是大家熟悉的进化树，长的表示进化距离远，短的表示进化距离近。

仔细一看，这图早就看了很多次了，就比如大家熟悉的这张图。

本质上都一样。

很古老的祖宗bat，然后就是武汉的病毒。然后继续分为ABC。A是从武汉回去的美国人,B是武汉型，C是欧洲型。

这东西老早就知道了，为啥他们还是重复一遍呢？

我就去看了下数据来源

we here present a phylogenetic network of 160 largely complete SARS-Cov-2 genomes

160？怪哉，都是来自GISAID database，的确少了，咋还是160个数据呢？为啥不多点？

注：文章写的时候是4 March 2020,投稿是March 17, 2020，发出来是昨天，但是那个时候其实gisaid数据已经不少了。作者也说了，3月4号的时候都已经有254 coronavirus genomes了。

不过reviewer真的是太好了，我最近就碰到了一个认（bian）真（tai）审稿人，让我用他的建议重新计算了一次三代基因组，然后一个小修折腾了3个月了（中间不断让变动十几次了）

我还专门登入gisaid去看了，你瞅瞅人家的数据，这么多点点呢。

或者看看这图

或者这种

既然发文章，能真的加点数据吗？尤其是送审都3月17了，发出来是4月份，中间的新数据哗啦啦的，补充点数据很有必要的。

当然，文章中还是有些内容的。

比如南美洲的巴西病毒是属于C的，从意大利传过去的（废话，人家报道的就是去意大利旅行了）我之前还写过文章呢

比如加拿大的安大略的那一例，是有武汉/广东旅行史，分类也自然属于这一支了。

墨西哥倒是例外，他的病毒是B家族的，而且和意大利/德国比较近

这个人去过意大利，其实也说明了，意大利这地方，早就是各种感染混杂了。

这张图倒是说明了一点，就是基因组信息和采样信息很对应，说明这些日子，这些病毒还是比较单纯，输入了，大家就检测到了，所以时间和基因组信息对的上。

到此为止，全文结束。

基本上就是老瓶子老酒，要不是院士contribute，这文章很难发到PNAS。

当然，文章最大的新意是：使用了character-based phylogenetic networks，这是分子人类学里常用的办法，搁到病毒里去用了。

———后续———

一篇文章水不水，其实读者是能够感受到的，比如这篇文章的确是有点水了，那大家一定会问，那你举个不水的，其实就有啊，比如NSR那篇把病毒分为L型和S型的，明显质量要高出一大截。

当然，我还是要说：水文，那也是有价值的！

最后，谢谢几位邀请。

很有趣的一篇文章。

我愿意称这篇文章是一个典型的“古生物演化文章”，作者列表里面也有考古和古人类学者Colin Renfrew。演化树的研究结果，展现形式和讨论方法，把covid-19换成暴龙类，尼安德特人什么都没有多大问题。这种方法从基础理论的层面是，是离散特征的祖先状态恢复，我们经常讨论的现代人起源几次出非洲，恐龙起源啊都是这类问题。感兴趣的可以看一我的这篇专栏文章（里面梗有点多）。

我不清楚的是这种工作真正在病毒学研究当中是否是流行的方法，或者说是被广泛承认的方法。

质疑的也很多，比如有人提到：这个工作相当于强行把covid-19的演化树的树根，拉到了蝙蝠里面那个“已知最接近的”冠状病毒这个位置。问题在于蝙蝠的病毒只是其他研究提到的“已知最接近”的，蝙蝠和人类之间有无中间型，如果有的话，跟covid-19的树根的位置距离如何？如果我们新发现一个所谓中间宿主的冠状病毒，比蝙蝠的更接近covid-19，用作这棵演化树的外类群，结果会不会有巨变呢？不好说。

这篇工作提到的一个有趣的点，我觉得是很值得赞赏的，“奠基者”效应。奠基者效应是加速族群遗传漂变作用的一种形式，指由带有亲代群体中部分等位基因的少数个体重新建立新的群体，这个群体后来的数量虽然会增加，但因未与其他生物群体交配繁殖，彼此之间基因的差异性甚小（来自wiki）。作者认为武汉的情况是，b型covid-19在武汉存在一个奠基者效应。值得一提的是，奠基者效应一般发生在封闭环境，比如小岛，山区。而封城，可能也算。

这里这个问题，可以更好的理解为，covid-19演化树就像一棵实体的树，我们分为根、茎、叶三个部分。根很纤细，草蛇灰线地埋藏在土壤里面，很难观察得到。而茎首先的暴露在空气当中，有了足够的空间和养分，成长的非常的粗壮，以至于被当作了“root 根源”，实际上是连接着“root根源”。而叶更为繁盛，更为多样。如果这个情况为真，武汉实际上是茎，之前因为根搞不清楚，所以就把茎当中根了。

但同样的，这个图这样来看质疑者的观点也是有道理的，根太长了。根的位置稍微动一下，比如说更靠近类型B一些，这个结果可能完全不一样了。

这样重要的结果，如果最后发的是PNAS的话，一定程度上意味着学界对这个结果应该是意见有很大差异的。其他回答者也提到，爱丁堡大学有演化生物学学者也在质疑这篇文章的审稿流程等过程，是否合理。

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唉~毕业了，回不去了~

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